A H3N2 madárinfluenza vírus Kínában sertéseket is megfertőzött és Vietnamban is kimutatták sertésekben, növelve a félelmet, hogy új, az emberre veszélyesebb variánsok jelenhetnek meg, megteremtve egy pusztító emberi járvány vírusát. Az egészségügyi szakértők szerint a sertések emberi influenzavírusokat hordozhatnak, amelyek géncsere útján kombinálódhatnak a H5N1 törzzsel és kialakíthatnak olyan formákat, amelyek már emberről emberre is terjedhetnek.
A H3N2 a H2N2-ből fejlődött ki antigéncsuszamlás (antigenic shift) révén, és ez a vírus pusztított a világszerte kb. egymillió ember halálát okozó 2-es szintű pandémiában, az 1968-as és 1969-es hongkongi influenza járvány során is.
Az éves emberi influenzajárványok domináns törzse a H3N2. Mért ellenállása a standard vírusellenes gyógyszerekre, az amantadinra és a rimantadinra az emberi szervezetben 2005–re 91 százalékra emelkedett. 2004 augusztusában kutatók Kínában H5N1 vírust mutattak ki sertésekben.
2005-ben felfedezték, hogy a H5N1 Indonézia egyes területein akár a teljes sertéspopuláció felét is megfertőzhette, anélkül, hogy tüneteket okozott volna. Chairul Nidom, az Airlangga Egyetem trópusi betegségek központjának virológusa (Surabaya, Kelet-Jáva) is végzett független kutatásokat: a Nature cikke szerint megvizsgálta 10 olyan, egészségesnek mutatkozó sertés mintáit, amelyek olyan nyugat-jávai területekről származtak, amelyek szomszédságában madárinfluenzával megfertőzött baromfifarmok voltak. A minták közül ötben ott volt a H5N1 vírus. Ugyanabban a régióban azóta az indonéz kormány is hasonló eredményekre jutott. A régión kívül lakó 150 sertés mintái negatívak lettek.
