Az influenza elleni védőoltás kapcsán sokszor előkerül a Guillain-Barré szindróma. Ez egy ritka autoimmun betegség, amelynek során az immunrendszer a szervezet saját idegsejtjeit támadja meg. A tünetek néhány hétig-hónapig tartanak, de a legtöbb ember teljesen felépül. A betegség elfordulása a korral nő, 50 év felett a leggyakoribb.
Egymillió emberből átlagosan 10 ember betegszik meg, attól függetlenül, kapott-e előtte védőoltást. A betegség kialakulásának pontos okát nem ismerik, de különféle baktérium- és vírusfertőzések (pl. campylobacter, influenza and Epstein-Barr vírus) növelik a kockázatát.
Az 1976-77-es influenzaszezonban volt az USA-ban egy vakcina, amely körülbelül a kétszeresére növelte a ritka betegség előfordulását: egymillió oltás után további 9 eset jelentkezett. Ezt a vakcinát azonnal betiltották, és azóta is figyelik a betegség előfordulását az oltási szezonokban. Hasonló jelenséget azóta nem tapasztaltak, és az sem bizonyosodott be, hogy 1976-77-ben valóban a vakcina okozta az esetszámok növekedését.
Éppen ellenkezőleg: a gyarapodó eredmények, köztük a legjobb jelenlegi európai adatokkal nem mutatnak összefüggést a GBS és az influenzavakcinák között, ehelyett viszont jelentős összefüggés látható a GBS és az élő influenzafertőzés, azaz a GBS és maga a betegség között - olvasható a Eurosurveillance című szaklapban (amely Európa vezető szaklapja a fertőző betegségek járványtanával, megelőzésével és felügyeletével kapcsolatban)
